環境省：底質の環境基準や底質汚染の状況を調査をしている。
国土交通省：監視マニュアルや対策マニュアルを作成している。北陸地方整備局新潟港湾空港技術調査事務所が実証実験をして底質ダイオキシン類無害化に関するデーターをまとめている。本省河川局河川環境課は底質のダイオキシン類対策技術資料集を2007年にとりまとめた。また、鶴見川遊水地でも無害化の取り組みが進んでいる。
独立行政法人港湾空港技術研究所などが底生生物と有害金属の相関関係のデーターを整理し発表している。
農林水産省：魚介類に含まれる水銀やダイオキシン類について資料を公開している。
厚生労働省:魚介類等に含まれる水銀について資料を公開している。
ダイオキシン類の総毒性等量のみ議論だけでなく、ダイオキシン類の異性体パターンやケミカルマスバランス等の環境鑑識学の発展によりにより汚染物質の同定や汚染原因者の寄与率算定により汚染原因者に対し、公害防止事業費事業者負担法に従い、合法的な汚染原因者費用負担額が算定され鳥取県の中海地域の企業が応分の費用負担に応じている。
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底質暫定除去基準によりPCBや水銀が高濃度で含まれている水域の浚渫が過去に実施された。その浚渫土は無害化されずに仮置きされたり、埋立てに利用されている。
環境リスクや人の健康被害防止の観点から十分な検討が必要であり、例えば、兵庫県高砂市では学識経験者等による検討会を開催し議論が進んでいる。