主人公リュウ・ハヤブサが振るう武器や忍術、システムについても調整が施され、新しい武器・忍術の追加に伴い幾つかの武器やシステムが廃止された。
ランド ドトラスト ジャム ガザニア マンホー ヒナガ ピンワ サテン ナスダック マクロ フォト ソンロ フラノ ロゴン もせう リアージ トポグ ロフィー ガスタン ぜんだな イコール ミサ全国 ジャンプ ハロー ロスジ ウィジ おおつち リヨン ビスタ ドッグ フォーカス トトカル トギザ ダリ タオル ッドカード ドーピ ダブル ライオ モブログ スノー くしろ エンド スノース バヌアツ ビラリー バスルガ チュリエ テーマソン リンド
攻撃によって敵の四肢が欠損するという描写があるため、日本でのレーティングはCERO:Zとされている。この描写に対して本作の監督で、TEAM NINJAを率いる板垣伴信は「ゲームシステム上（敵にとどめを刺す「滅却の法」の発動条件として）必要な表現である」とコメントしており、日本語版においても一切の表現規制を行っていないと明言している。
また板垣監督は、この作品をもって「NINJA GAIDEN」シリーズは終了と発表し、それを裏付けるかのように本ゲームの発売日を境にテクモを退社。同時に社に対して成功報酬未払いにおける訴訟を発表した。
2008年7月末の追加コンテンツとタイトルアップデートにてゲームの進行を妨げる問題が起こり、修正パッチのリリースに1ヶ月以上も要した。
ストーリー
東京の高層ビルに構えられたアンティークショップ「村正」。骨董品の整理をする店主ムラマサの元へソニアと名乗る女性が入ってくる。彼女は闇の一族が邪神を復活させようと暗躍し始めたことを知り、リュウ・ハヤブサへその事を伝えようとしていたのだ。しかしムラマサはリュウの居場所など知らぬよと彼女へ告げる。
突如として地蜘蛛一族の追っ手が店を襲撃し、逃亡しようとしたソニアはすぐ捕らえられてしまう。と次の瞬間、地蜘蛛一族の怨敵、龍の末裔である隼一族の超忍リュウ・ハヤブサが姿を現した。瞬く間に追っ手を蹴散らしたハヤブサであったが、ソニアは何処かへ連れ去られてしまう。
ムラマサから事の成り行きを聞いたハヤブサはソニアを救出するため、高層ビルに巣食う地蜘蛛一族に対し闘いを開始した。
登場人物
リュウ・ハヤブサ（声：堀秀行）
主人公。邪神を封じる任にあたる隼一族の忍者にして龍剣の所有者。超絶的な身体能力と剣の腕を持ち、更には数多の武具と忍術を使いこなす現代の超忍。前作「NINJA GAIDEN」において黒龍丸を奪い邪神を蘇らせて世界を手中に収めようとした同門の叔父、ムライを討ち倒した。今作では地蜘蛛一族との因縁を絶ち、再びの邪神復活を阻止するため世界各国を駆け回る。時期的にはDragon Swordの後、ジョウが生きているので忍者龍剣伝1の前。
ソニア（声：鈴木麻里子）
CIAの女性エージェント。邪神復活の陰謀を知ってリュウ・ハヤブサへそれを伝える為に東京へとやって来た。その後もハヤブサをサポートするために様々な場所で活躍する。
ムラマサ（声：青野武）
アンティークショップ「村正」の店主である老人。前作「NINJA GAIDEN」ではヴィゴル帝国で店を開いていたが現在は東京に店を移している。刀や闇の歴史に詳しい。また彼自身も居合いの達人であり、富士の麓にてリュウの窮地を救った。
ジョウ・ハヤブサ（声：若本規夫）
リュウ・ハヤブサの父であり、隼一族の現頭首。一族の歴史においても屈強と賞賛されたほどの忍者であったが、現在は病に伏している。前作で登場したムライの兄である。
あやね（声：山崎和佳奈）
霧幻天神流覇神門のくノ一。 リュウ・ハヤブサに就き、諜報活動の任にあたっている。物語終盤で、リュウに「龍の勾玉」を託す。
幻心（げんしん）（声：大友龍三郎）
隼一族にとっての宿敵である地蜘蛛一族の現頭首。一族は闇に属しており、邪神の眷属と手を組んで隼の城を襲撃、封印されていた邪神像を強奪した。妖刀「邪神剣」と鉤爪が武器。過去に弟をリュウ・ハヤブサの叔父であるムライに殺されている。
四殺重鬼王
電撃のアレクセイ（声：緑川光）
ニューヨークに魔物を発生させた四殺重鬼王の一人。美形の外観を持ち、電光を纏って雷を自在に発生させる魔神。美しい物を愛する性格で、自由の女神とソニアを丁重にもてなしている。
嵐のヴォルフ（声：郷里大輔）
ヴェニスを拠点に手下である狼男の集団を支配する四殺重鬼王の一人。ヴォルフ自身も四本の腕を持つ巨躯の狼男で常に強者との戦いに飢えている。彼が武器として使用する大鎌エクリプスサイズは、倒した後リュウの武器となる。
炎のゼドニアス（声：柴田秀勝）
モスクワでロシアの軍隊を一瞬にして全滅させた四殺重鬼王の一人。翼の生えた悪魔の外観を持ち、様々な火炎攻撃を繰り出す。かつて人類に火を授けた。
血のエリザベート（声：鶴ひろみ）
血の色をしたコートを纏う女性の姿で幻心に近づき、隼の城を襲撃させた四殺重鬼王の一人。正体は蝶の羽を持つ半裸の魔神で、血液と尻尾を使った攻撃が得意。
兇魔皇帝ダグラダイ（声：飯塚昭三）
魔物束ねる魔界の皇帝。魔神の最高権力者だが、元々は人間の賢者。
登場武器・忍術
主武器
龍剣（りゅうけん）
龍の牙を削って作られ、邪神を斬り封じる力を持つという伝説の刀。隼一族にとっての宝であり、現在はリュウ・ハヤブサが所有。普段は威力を抑えられており、隼の巫女が持つ「龍の勾玉」を柄尻へ嵌め込む事で真・龍剣となり本来の威力を発揮する。技数が豊富で攻撃力も申し分なく、スタンダードな武器といえる。
無想新月棍（むそうしんげつこん）
月の力を持つと言われる金属製の棍。軸材には強靭な柳の木に特殊な樹脂を染み込ませ、この軸を動物の腱で巻き上げてニカワで固め、さらに鋼鉄製の外殻が覆う構造となっている。両端の突起は鎖で繋がれており、攻撃時に突起が伸縮する事で長いリーチを誇る。欠損率の高い技を多く持ち、ゲーム全編を通して使える優秀な武器である。
硬殻猛禽爪（こうかくもうきんそう）
両手･両足に装着する、忍者由来の「手甲鉤」を進化させた武器。リーチは短いが高い殺傷力を持ち、体術と連動して敵の身体をズタズタに引き裂く。忍者系の敵に非常に有効な技(いわゆる「飛燕飯綱」)を持つ。
巌龍・伐虎（がんりゅう・ばっこ）
2本で一対の刀。宮本武蔵が考案した武蔵鍔には、「なまこ」とよばれる肉抜き穴が開けられており、手元の重量を減らすことで、鋭い剣捌きを可能にしている。二刀流で繰り出される斬撃は龍剣以上に隙の無い連続斬りを放つ事ができる。終盤で龍剣・邪神剣に切り替わる。
鎖鎌（くさりがま）
鎌を使った接近戦と鎖分銅による絶大なリーチを両立させた武器。その制御は難しく、よほどの手錬れでなければ使い物にならない。近作に登場する鎖鎌は、宍戸鉄斎という巧の手になるものであるが、ムラマサはどういうわけか、この人物を嫌っている。
エクリプスサイズ
「日蝕の大鎌」。大昔の人狼王の肉体を、煮えたぎるウーツ鋼(ダマスカス鋼)の中に投げ込んで作られ、熱が冷めるまで9日もかかったという。嵐のヴォルフが使用しており、彼を倒すことでリュウの武器となる。振りは遅いが広大な攻撃範囲と凄まじい攻撃力を持つ。中でも一回転MAX絶技は、全武器中最大の威力を誇る。
トンファー
琉球より伝わったとされる取っ手付きの棍。本来は木製だが、本作に登場するのは高硬度のタングステンカーバイトで出来ており、その分破壊力が増している。唯一、「神薙」というキャンセル技を持ち、それを上手く使うことで非常に有利に闘うことができる。
ヴィゴリアンフレイル
金属製の片手鎌2本を鎖で繋いだ武器。中世ヴィゴル帝国において、多くの闘士たちが使用していたと記録されている。ヌンチャクのように振り回すことで一方的な連続攻撃を繰り出すことが可能となっている。攻撃力は低いが、手数で圧倒できる。前作でも登場し、リュウ・ハヤブサはこの武器に関して「悪くない」と評しており、結構気に入っているようである。
飛び道具
手裏剣（しゅりけん）
弾数無限の八方手裏剣。チャージできず威力も小さいが小型の敵を倒すことは可能。敵の足止め、連続技の繋ぎやキャンセルにも活用できる。
破魔矢（はまや）
弾速の早い弓矢。2段階のチャージで攻撃力が上がる。
爆破手裏剣（ばくはしゅりけん）
火薬を仕込んだ手裏剣。標的に突き刺さると数秒後に爆発する。チャージすると一度に放つ本数が増える。
ガトリング水中銃
連射式の水中銃。地上、水上では発射できない。いわゆるオーパーツ。
風車手裏剣（ふうしゃしゅりけん）
貫通力が高い大型の手裏剣。放つと数秒後に自分の手元へ戻る。チャージ攻撃で攻撃力と誘導性能が上がる。
忍術
火炎龍（かえんりゅう）
敵をロックして巨大火炎弾を発射する。LVが上がると複数の敵をロック可能。
破魔裂風刃（はまれっぷうじん）
真空の刃を発生させて敵を切り刻む。LVが上がると攻撃範囲が広くなる。
鳳凰焔舞（ほうおうえんぶ）
自分の周囲に小型の火の鳥を飛ばし、近づく敵を焼く。
暗極重波弾（あんぎょくじゅうはだん）
一方向に貫通力の高い重力弾を発射する。LVが上がると射程と攻撃力が上がる。
ゲームシステム
体力ゲージ
今作の新システムで、範囲内の敵を全滅させた後に回復可能な青いゲージと回復不可能な赤いゲージが存在。ダメージを受ける毎に赤い部分が増加し、回復可能な最大値が減っていく。赤い部分はアイテムやエッセンスで回復が可能。
エッセンス
敵を倒す、宝箱を明ける、オブジェクトを破壊する等で3色の球が飛び出し、数秒後にリュウ・ハヤブサの身体へ吸収される。効果は以下の通り。
黄色→ゲーム中におけるお金に該当し、ムラマサの店でアイテムを購入したり、武器をレベルアップする時に使用される。
青色→体力を回復する。赤くなった体力部分も回復させることが可能。
赤色→忍術ゲージを回復する。
絶技（ぜつぎ）
強攻撃ボタン（Yボタン）を押し続けると2段階のチャージ動作に入り、ボタンを離すことで強力な攻撃を打ち込む事が出来る。チャージ中は特定の攻撃以外にキャンセルされる事がなく。発動すれば技の終了まで全身無敵判定となる。攻撃パターンは武器によって異なり、乱舞技や範囲攻撃、衝撃波を放ったりする。チャージ中に黄色いエッセンスを吸収するとチャージ完了が早くなり、青色、または赤色のエッセンスを吸収した場合はその時点でチャージが完了する。なお、今作では一部を除く飛び道具の絶技も可能となった。
滅却の法（めっきゃくのほう）
今作の新システム。四肢の一部を欠損した敵に対して強攻撃ボタンを押す事で強制的にとどめを刺す。発動時は武器や敵の状態に応じて専用のモーションが入る。雑魚敵だけでなく一部のボス敵にも決めることが可能で、その時点で必ず敵を倒せる。